案发后，昆明市公安局官渡分局于2018年7月30日对其立案侦査，于8月30日对其取保候审。案件于2019年1月3日移送至官渡区人民法院后，办案部门发现孙小果系1998年一审被判处死刑的罪犯，昆明市委遂及时向云南省委报告。省委高度重视，要求对该案深挖彻查，依法办理。官渡区人民法院于2019年3月18日决定对其逮捕，公安机关对孙小果2010年4月刑满释放后涉嫌违法犯罪全面开展侦查，发现孙小果及其团伙成员先后有组织地实施了聚众斗殴、开设賭场、寻衅滋事、非法拘禁等违法犯罪，涉嫌黑恶犯罪。
2019年4月，中央扫黑除恶第20督导组进驻云南后，将该案作为重点案件进行督办;5月，全国扫黑办又将该案列为挂牌督办案件，并派大要案督办组赴云南指导督促案件办理工作。7月26日，云南省高级人民法院作出决定，依法对孙小果强奸、强制侮辱妇女、故意伤害、寻衅滋事案启动再审。2019年10月14日，云南省高级人民法院依照审判监督程序对孙小果强奸、强制侮辱妇女、故意伤害、寻衅滋事一案依法再审开庭审理。
